Муниципальное бюджетное общеобразовательное учреждение «Палтогская основная общеобразовательная школа» открыто 14 марта 1996 года, до этого в деревне Палтога была лишь начальная школа.
В 2000 году было сдано в эксплуатацию новое здание школы. Предельная численность контингента школы 160 человек. В 2002 году к МБОУ «Палтогская основная общеобразовательная школа» была присоединена Вытегорская вспомогательная школа-интернат. В связи с особенностью контингента и наполняемостью классов с 18.03.2020 года учреждение переименовано в МБОУ "Палтогская школа-интернат для обучающихся с ОВЗ".
В учреждении учатся дети из населённых пунктов Вытегорского муниципального района. Часть обучающихся находится на ежедневном подвозе. Дети из отдалённых сёл и деревень проживают в интернате при школе.
Учреждение работает по пятидневной рабочей неделе. Учебный год разделен на 4 четверти, после каждой каникулы с продолжительностью от 8 дней (осенние), до 3 месяцев (летние).
Пришкольный интернат работает круглосуточно.
Школа находится на расстоянии 18 км от районного центра города Вытегра.